Les Clostridiaceae réduisent l’incidence de Sclerotium rolfsii sur soja après inondation, révélé par la réaction en chaîne par polymérase (PCR)-électrophorèse du gradient de gel dénaturant (DGGE)

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Article (sc. journal) of Adandonon A. and Momma N. - 2015

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  • Literature reference
  • Author
  • Adandonon A. and Momma N.
  • English title of the work
  • Clostridiaceae reduce incidence of Sclerotium rolfsii in soybean, as revealed by polymerase chain reaction (PCR)-denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE)
  • Title of the work
  • Les Clostridiaceae réduisent l’incidence de Sclerotium rolfsii sur soja après inondation, révélé par la réaction en chaîne par polymérase (PCR)-électrophorèse du gradient de gel dénaturant (DGGE)
  • Year of publication
  • 2015
  • Author's email
  • adanappo@yahoo.fr
  • Issue number of a journal, magazine...
  • 77
  • Journal or magazine
  • Bulletin de la Recherche Agronomique du Bénin (BRAB)
  • Month of publication
  • Juin
  • Page number
  • 33-46
  • URL Address
  • http://www.slire.net/download/2278/article_4_pg_brab_n_77_juin_2015_adandonon_et_nomma_clostridiaceae_r_duisant_incidence.pdf
  • Countries concerned
  • Benin
  • Associated thesauruses
  • TropicAgrif
  • Keywords TropicAgrif
  • Oilseeds and protein rich plants
    Soya
    Plant Genetics
    Biotechnology
    Weed Constraints
    Others
    National Dimension
    National
    Disciplinary Approach
    Monodisciplinary
  • Saved on
  • 2016-01-14
  • Modifed on
  • 2016-01-14
  • Administrated by
  • POMALEGNI Charles Bertrand
  • Abstract
  • Sclerotium rolfsii est un champignon du sol causant la fonte de semis et la pourriture au collet des cultures
    comme le soja, résultant en une perte énorme de rendement. Les sclérotes du champignon durent
    longtemps dans le sol même en absence de l’hôte, rendant le contrôle de la maladie souvent difficile.
    L’objectif de l’étude était de déterminer les bactéries colonisant les sclérotes du champignon en sol
    inondé et l’effet de l’inondation sur l’incidence de la maladie causée au soja semé après retrait de l’eau.
    En plein champ, le sol a été amendé de matière organique, inoculé avec le pathogène, et ensuite inondé
    pendant 30 jours. Toutefois, avant l’inondation, les sclérotes en sachet ont été enterrés sur les parcelles.
    Ces sclérotes récupérés du sol après inondation ont été examinés pour leur viabilité et la détermination,
    sur la base de la réaction en chaîne par polymérase ou l’amplification en chaîne par polymérase (PCR)-
    électrophorèse du gradient de gel dénaturant (DGGE) du 16S ARNr, des bactéries colonisant les
    sclérotes. Les résultats ont montré que le modèle de bandes de DGGE a donné la plus large diversité de
    bactéries à partir des échantillons de sclérotes récupérés du sol amendé et inondé. L’indice de diversité
    des bactéries à partir des bandes de DGGE dans ces conditions inondées est supérieur à 1,80, comparé
    à celui obtenu dans les conditions de sol non inondé. Par exemple cet indice est de 2,27 ± 0,18 sur sol
    amendé avec de son de blé et inondé alors qu’il n’est plus que de 1,74 ± 0,19 sur sol non amendé non
    inondé. Par ailleurs, plus l’indice est élevé, plus la viabilité des sclérotes est faible de même que
    l’incidence de la maladie de fonte de semis et de pourriture au collet du soja. L’analyse des séquences
    16S ARNr obtenues des bandes de DGGE révèle que les bactéries de la famille des Clostridiaceae sont
    les plus dominantes dans les échantillons de sclérotes récupérés du sol inondé. Cette étude ouvre des
    perspectives de réduction de l’inoculum initial par une inondation des parcelles infectées par S. rolfsii
    pendant quelques semaines avant le semis.
    Mots Clés : PCR, DGGE, diversité, sclérotes, soja, inondation du sol.
  • English abstract
  • Sclerotium rolfsii is a soil-borne fungus causing damping-off and stem rot to many crops including
    soybean. It often results in great yield losses. The fungus sclerotia last long in the soil making the disease
    control very difficult. The objective of the current study was to determine the bacterial population
    colonizing the fungus sclerotia recovered from flooded field soil and effect of the flooding on the disease
    incidence caused to soybean planted in the field after flooding. The bacterial population infecting the
    sclerotia was analyzed based on polymerase chain reaction (PCR)-denaturing gradient gel
    electrophoresis (DGGE) of the bacterial 16S rRNA. In the field, the soil was organic matter-amended,
    inoculated with the wheat bran, peat moss, and water (BPW)-based inoculum of the fungus, and flooded
    for 30 days. But, shortly before flooding, sclerotia of the fungus collected from diseased plants in the
    greenhouse were buried in the soil to be later recovered after the 30-day flooding for viability test and
    PCR-DGGE of the 16S rRNA analysis of the bacteria colonizing the sclerotia. Results showed that the
    sclerotia recovered from flooded soil yield the largest DGGE band diversity, with the highest Shannon
    7 Dr