Les Clostridiaceae réduisent l’incidence de Sclerotium rolfsii sur soja après inondation, révélé par la réaction en chaîne par polymérase (PCR)-électrophorèse du gradient de gel dénaturant (DGGE)
- Référence bibliographique
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- Année de publication
- 2015
- Auteur(s)
- Adandonon A. and Momma N.
- Titre du document
- Les Clostridiaceae réduisent l’incidence de Sclerotium rolfsii sur soja après inondation, révélé par la réaction en chaîne par polymérase (PCR)-électrophorèse du gradient de gel dénaturant (DGGE)
- Titre en anglais
- Clostridiaceae reduce incidence of Sclerotium rolfsii in soybean, as revealed by polymerase chain reaction (PCR)-denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE)
- Adresse email de l'auteur
- adanappo@yahoo.fr
- Adresse URL
- http://www.slire.net/download/2278/article_4_pg_brab_n_77_juin_2015_adandonon_et_nomma_clostridiaceae_r_duisant_incidence.pdf
- Journal ou Magazine
- Bulletin de la Recherche Agronomique du Bénin (BRAB)
- Mois de création ou de publication
- Juin
- Numéro du journal ou du magazine
- 77
- Numéros de pages
- 33-46
- Pays concerné(s)
-
Bénin
- Thésaurus associé(s)
-
TropicAgrif
- Mots-clé(s) TropicAgrif
Oléagineux et protéagineux
Soja
Génétique des plantes
Biotechnologie
Contraintes des adventices
Autres
Dimension nationale
Nationale
Approche disciplinaire
Monodiscipline
- Enregistré le
- 2016-01-14
- Modifié le
- 2016-01-14
- Administré par
-
POMALEGNI Charles Bertrand
- Résumé
- Sclerotium rolfsii est un champignon du sol causant la fonte de semis et la pourriture au collet des cultures
comme le soja, résultant en une perte énorme de rendement. Les sclérotes du champignon durent
longtemps dans le sol même en absence de l’hôte, rendant le contrôle de la maladie souvent difficile.
L’objectif de l’étude était de déterminer les bactéries colonisant les sclérotes du champignon en sol
inondé et l’effet de l’inondation sur l’incidence de la maladie causée au soja semé après retrait de l’eau.
En plein champ, le sol a été amendé de matière organique, inoculé avec le pathogène, et ensuite inondé
pendant 30 jours. Toutefois, avant l’inondation, les sclérotes en sachet ont été enterrés sur les parcelles.
Ces sclérotes récupérés du sol après inondation ont été examinés pour leur viabilité et la détermination,
sur la base de la réaction en chaîne par polymérase ou l’amplification en chaîne par polymérase (PCR)-
électrophorèse du gradient de gel dénaturant (DGGE) du 16S ARNr, des bactéries colonisant les
sclérotes. Les résultats ont montré que le modèle de bandes de DGGE a donné la plus large diversité de
bactéries à partir des échantillons de sclérotes récupérés du sol amendé et inondé. L’indice de diversité
des bactéries à partir des bandes de DGGE dans ces conditions inondées est supérieur à 1,80, comparé
à celui obtenu dans les conditions de sol non inondé. Par exemple cet indice est de 2,27 ± 0,18 sur sol
amendé avec de son de blé et inondé alors qu’il n’est plus que de 1,74 ± 0,19 sur sol non amendé non
inondé. Par ailleurs, plus l’indice est élevé, plus la viabilité des sclérotes est faible de même que
l’incidence de la maladie de fonte de semis et de pourriture au collet du soja. L’analyse des séquences
16S ARNr obtenues des bandes de DGGE révèle que les bactéries de la famille des Clostridiaceae sont
les plus dominantes dans les échantillons de sclérotes récupérés du sol inondé. Cette étude ouvre des
perspectives de réduction de l’inoculum initial par une inondation des parcelles infectées par S. rolfsii
pendant quelques semaines avant le semis.
Mots Clés : PCR, DGGE, diversité, sclérotes, soja, inondation du sol. - Résumé en anglais
- Sclerotium rolfsii is a soil-borne fungus causing damping-off and stem rot to many crops including
soybean. It often results in great yield losses. The fungus sclerotia last long in the soil making the disease
control very difficult. The objective of the current study was to determine the bacterial population
colonizing the fungus sclerotia recovered from flooded field soil and effect of the flooding on the disease
incidence caused to soybean planted in the field after flooding. The bacterial population infecting the
sclerotia was analyzed based on polymerase chain reaction (PCR)-denaturing gradient gel
electrophoresis (DGGE) of the bacterial 16S rRNA. In the field, the soil was organic matter-amended,
inoculated with the wheat bran, peat moss, and water (BPW)-based inoculum of the fungus, and flooded
for 30 days. But, shortly before flooding, sclerotia of the fungus collected from diseased plants in the
greenhouse were buried in the soil to be later recovered after the 30-day flooding for viability test and
PCR-DGGE of the 16S rRNA analysis of the bacteria colonizing the sclerotia. Results showed that the
sclerotia recovered from flooded soil yield the largest DGGE band diversity, with the highest Shannon
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